大連華恩有限公司在各農場建有有機加工廠和倉儲庫。這些加工廠可以直接對豆類、谷物及籽仁類產品進行清選、脫殼，降低了深加工前的運輸成本，減輕了對環境的污染。
為進一步提高產品的質量，引進日本的先進質量理念，我公司與日本 MUSO公司在1998年共同合資建立了大連日華有機食品精選有限公司，占地35000平方米，專門完成來自華恩有機農場產品的加工和倉儲任務。日加工清選能力達400噸以上。
＊倉儲：擁有四個儲存倉庫，倉儲能力達12000噸；配有冷藏庫；室外垛 區 可存儲20000噸貨物。
＊加工車間：
有機顆粒飼料加工車間—2009年引進的國際領先全自動化生產線，采用電腦中央控制系統，可依照客戶的原料配比要求，加工不同配方的有機飼料。
公司于2012年投資成立大連金迪糧油有限公司，該公司擁有先進的大豆油壓榨、精煉生產線。以優質有機大豆為原料，根據客戶需求加工不同標準的有機豆粉、有機大豆油。精煉指標達到國家一級水平，日加工精煉油20噸。
＊生產線：
有機大豆生產線---大豆作為我公司的龍頭產品，配備了初選、比重除石、帶選等設備組成的頂級機械化加工生產線。生產能力和產品質量都居同行業領先水平。
有機雜糧生產線---由清選、比重除石等一流設備與先進工藝合理組合，充分保證產品品質。
籽仁精選流水線—該生產線使用國際最先進的清選、除雜設備，如磁選機、色選機、進口激光色選選別機、X光選別機、自動稱重封裝機等，整個過程實現全部自動化操作。
大連華恩有限公司旗下的各加工廠在衛生、操作、流程、安全、人員管理上，嚴格遵照有機標準和HACCP規程要求，不同有機產品單獨加工、分區儲存，完全杜絕混合污染。通過設備的先進性、流程的合理性、操作的規范性、理念的先進性，有效保證產品品質的優越性和一致性，為經營擴展奠定基礎。